Khi vua Trần Nhân Tông tu hành ở Yên Tử mới chỉ có am trong động (gọi là ghườm đá ở phía sau bên phải chùa hiện nay). Am được gọi là Ngô Ngữ Viện, đây là nơi tu hành của Bảo Sái, đệ tử thân tín với Thượng hoàng Trần Nhân Tông. Ông được vua Trần giao cho công việc biên tập và ấn tống tất cả các kinh văn của Thiền Phái Trúc Lâm để truyền giảng phật tông cho các phật tử trong cả nước Đại Việt.
